1825 starb ihr toleranter Ehemann und Ludwig I., ein Sohn aus erster Ehe, wurde bayerischer König. Karoline blieb aber als Königswitwe weiter in Bayern, bis zu ihrem Tod am 13. November 1841. Ihrem Stand entsprechend sollte sie dann in der Fürstengruft der Wittelsbacher beigesetzt werden. Doch am Tag ihrer Beerdigung sorgte der katholische Klerus für einen Skandal.

Als der Leichenzug an der Theatinerkirche ankam, waren dort die Türen verriegelt. Fast eine halbe Stunde lang ließ man den Sarg der verstorbenen evangelischen Königswitwe demonstrativ draußen warten. Als die Trauergemeinde dann endlich in die Kirche durfte, wurde dem evangelischen Seelsorger der Verstorbenen aber der Zutritt verweigert. In der Kirche brannte keine einzige Kerze. Dies wurden auch von vielen katholischen Münchnern als ein herzloser Affront verstanden!

Nachträglich hat sich dieser Konflikt dann eher als Chance für die Ökumene erwiesen. König Ludwig I. war eigentlich ein ausgesprochener Gegner eines multikonfessionellen Bayerns. Aber als er erlebte, wie herzlos seine evangelische Stiefmutter post mortem behandelt wurde, führte dies zu einem Umdenken.